В октябре 1992 года его создали для защиты государственных интересов на северо-восточных рубежах России. За время работы более шестидесяти его сотрудников отдали служебный долг в горячих точках, включая Афганистан, Таджикистан, Чечню, Ингушетию и Украину. 

Более пятнадцати человек получили государственные награды за мужество и героизм, а свыше ста - ведомственные знаки отличия. Сегодня перед управлением стоят масштабные задачи: борьба с терроризмом, экстремизмом и организованной преступностью, противодействие иностранным спецслужбам, а также обеспечение экономической безопасности региона. 

Сотрудники УФСБ ведут работу по защите транспортной и энергетической инфраструктуры округа, пресекают контрабанду драгоценных металлов и наркотиков. Несмотря на суровый климат, коллектив управления продолжает надёжно обеспечивать безопасность жителей Чукотки.