Он родился 17 августа 1978 года в посёлке Угольные Копи. После школы получил профессию монтажника-электросварщика в Ивановском училище №27. Его военная служба началась в 1997 году. 

Сергей Исаенко прошел срочную службу, а затем продолжил ее по контракту. В мирной жизни будущий воин работал машинистом-кочегаром на Шахте Угольная. 

В октябре 2025 года он вновь подписал контракт с Министерством обороны. Младший сержант Исаенко был заместителем командира взвода, командиром отделения снайперов. 

Он проявил себя как смелый и решительный воин, верный товарищ и настоящий защитник Отечества. Сергея Исаенко ждали дома сын, мать и два брата. По решению семьи его похоронят в городе Иванове.